במסגרת תכנית גפ"ן (גמישות פדגוגית ניהולית) של משרד החינוך. מדרשת הגולן מציעה שתי תכניות חינוכיות לבתי הספר-
"מסע חינוכי בגולן"- לבתי ספר תיכוניים:
תכנית מסע חינוכי המשלבת סיורים ברמת הגולן עם מפגשים עם דמויות מעוררות השראה, סדנאות וחוויות שטח. התכנית נבנית בצוותא עם בית הספר ומותאמת אליו כאשר מלבד תכניות לשכבות השונות אנו מציעים גם מסע לתכניות מנהיגות שונות הקיימות בבית הספר בצוותא עם "אופן וואלי", מרכז חדשנות ויזמות בהובלתו של יוסי אקרמן, נשיא אלביט לשעבר.
"מגלים גולן"- תכנית רב שנתית להכרת בגולן לבתי ספר יסודיים:
התכנית הינה תכנית מקיפה להכרות מעמיקה עם רמת הגולן על כלל רבדיה: הנחלים והמישורים, הצומח, החי, ההיסטוריה הקרובה והרחוקה, הארכיאולוגיה והנוף האנושי הגולני. התכנית בנויה כרצף של סיורים חד יומיים עם טיול רב יומי אחד בשנה עקרונית התכנית בנויה כתכנית רב שנתית אך ניתן לקיים תכנית חד שנתית יעודית ספציפית.